El Sistema Estructural del Centro Botín está compuesto por el conjunto de las estructuras de los tres espacios diferentes situados sobre rasante, Edificio Oeste (exposiciones temporales y permanentes), Edificio Este (Auditorio y administración) y Pachinko (sistema de rampas exteriores que conecta ambos edificios entre sí, con el mar y con los Jardines de Pereda).

Conceptualmente la estructura sobre rasante de los dos edificios y del Pachinko se cimenta en el Espacio Sótano, un gran cubo sumergido, construido ocupando el Muelle de Buques Transbordadores del Puerto de Santander y habilitado como contenedor de las instalaciones y del muelle de carga y descarga de las obras de arte que acceden al Centro Botín desde el Paso Inferior.